Melemahnya Soekarno menimbulkan kekhawatiran adanya ancaman bagi PKI yang tidak disukai oleh berbagai partai politik lain dan juga beberapa jenderal Angkatan Darat.
Disebutkan bahwa PKI memaksa mempersenjatai angkatan kelima yang disebut sebagai Barisan Tani Indonesia. Hal ini ditolak oleh petinggi Angkatan Darat.
Baca Juga: Mengulas Rumah Penyiksaan Pemberontakan G30S PKI yang Jadi Sejarah Kelam di Tahun 1965
Karena itu PKI menyusup ke sejumlah posisi penting baik di pemerintahan maupun di angkatan bersenjata untuk melancarkan maksud pembentukan angkatan kelima sekaligus membasmi para penentang.
Berbagai rapat untuk merencanakan kudeta terhadap pemerintahan yang sah telah terjadi beberapa bulan sebelum September 1965.
Rapat tersebut dihadiri oleh beberapa tokoh PKI seperti Dipa Nusantara Aidit atau DN Aidit yang merupakan Sekjen PKI sekaligus Wakil Ketua MPR Sementara.
Petinggi PKI Syam Kamaruzaman juga mengikutsertakan Letkol Untung Syamsuri dan Kolonel Abdul Latief yang merupakan komandan pasukan pengawal Presiden yang disebut pasukan Cakrabirawa.
Ada 7 jenderal yang menjadi target penculikan PKI karena kerap menentang keinginan PKI.
Mereka adalah Ahmad Yani, R. Suprapto, MT Haryono, S. Parman, DI Pandjaitan, Sutoyo Siswomiharjo dan AH Nasution.