Tapi DN Aidit juga ikut dalam perlawanan PKI di Madiun pada tahun 1948 dna kemudian menghilang.
Ada yang berkata kalau diirnya berada di Vietnam bagian utara pada masa menghilangnya.
Hingga saat dia kembali menjelang Pemilu tahun 1955 dan mengambil alih Partai Komunis Indonesia.
Dalam perjalanan politiknya sampai pada meletusnya peristiwa G30S PKI yang menyebabkan kematian Perwira Tinggi TNI AD.
Baca Juga: Mengenal Partai Komunis Indonesia yang Menjadi Awal Mula Peristiwa G30S PKI
PKI juga disudutkan sebagai dalang dari peristiwa berdarah G30S PKI karena ingin melalukan kudeta menggulingkan Sukarno.
Para pemimpin PKI lantas menjadi buruan Pemerintah dalam upaya pembersiahan semua unsur-unsur PKI.
Dilansir dari Kronik 65: Catatan Hari per Hari G30S Sebelum Hingga Setelahnya 1963-1971 (2017) yang disusun Kuncoro Hadi dan kawan-kawan diceritakan kalau DN Aidit berhasil lolos dalam sergapan tentara dan terbang menuju Yogyakarta.
DN Aidit langsung meneruskan perjalanan ke Semarang dan menggelar rapat dengan pimpinan PKI lainnya.