1967 ia ditahbiskan imam oleh Kardinal Justinus Darmojuwono. 1968 ia ditugaskan ikut membangun suatu tempat studi filsafat di Jakarta yang kemudian diberi nama Sekolah Tinggi Filsafat Driyarkara (diambil dari nama alm. R.P. Prof. Dr. Nicolaus Drijarkara, SJ).
Sekolah Tinggi itu membuka kuliahnya 1969 dengan delapan mahasiswa. Sekarang jumlah mahasiswa hampir 400, baik di tingkat sarjana, magister maupun doktor.
1971 sampai 1973 ia studi doktor di Ludwig-Maximilian-Universitas di München dan dipromosi dengan disertasi tentang Karl Marx. Ia kemudian memberi kuliah tentang etika dan filsafat politik dan berjabat sebagai sekretaris eksekutif di STF Driyarkara.
Sejak 1975 ia juga mengajar di Universitas Indonesia dan kemudian selama sembilan tahun di Universitas Katolik Parahyangan di Bandung. 1977 ia memperoleh kewarganegaraan Indonesia dan sejak itu menamakan diri Franz Magnis-Suseno.
Beberapa kali ia memberi kuliah tentang etika Jawa selama satu semester di Geschwister-Scholl-Institut Universitas Ludwig-Maximilian dan di Hochschule für Philosophie di München) dan di Fakultas Teologi Universitas Innsbruck. 1988 sampai 1998 ia menjabat sebagai Ketua STF Driyarkara dan 1995 - 2005 sebagai Direktur Program Pascasarjana yang menawarkan studi magister dan doktor.
Pada tahun 2000 ia diterima sebagai anggota Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia. 2002 ia menerima Doktor honoris causa dari Fakultas Teologi Universitas Luzern (Swis). 2008 - 2017 ia menjabat sebagi Ketua Pengurus Yayasan Pendidikan Driyarkara, penyelenggara STF Driyarkara.
Magnis-Suseno banyak memberi prasaran dan ceramah, muncul dalam talkshow di TV dan aktif dalam dialog antar agama.
Sampai sekarang menulis lebih dari 700 karangan populer maupun ilmiah serta 44 buku, kebanyakan dalam bahasa Indonesia, terutama di bidang etika, filsafat politik, alam pikiran Jawa dan filsafat ketuhanan.