Joko Kaiman kemudian mendirikan kekuasaan di wilayah Banyumas dengan pusat kekuasaannya di wilayah hutan tembaga sebelah barat daerah kejawal yang sekarang terletak di pertemuan Sungai Banyumas dan Sungai Pasinggangan di Desa Kalisube Desa Pakunden Kecamatan Banyumas.
Akan tetapi Pusat Pemerintahan Kabupaten Banyumas bukan lagi di Banyumas, saat ini statusnya sudah menjadi kecamatan, yakni sejak ada pemindahan pusat pemerintahan dari Banyumas ke Purwokerto,
Pemindahan pusat pemerintahan dari Banyumas ke Purwokerto terjadi pada abad ke-16 pada saat itu Bupatinya adalah R Tumenggung Yudha Negara II yang berkuasa mulai 1749 – 1755.
Pemindahan pusat Pemerintah Kabupaten Banyumas itu mendapat persetujuan dari Pemerintahan Kolonialisme, Sedang Pendopo Kabupaten Banyumas di Purwokerto yang sekarang dinamakan Pendopo si Panji didirikan pada Januari 1937.***