Gelombang tsunami yang menelan ratusan korban jiwa pernah terjadi pada di Cilacap pada 17 Juli 2006. Ratusan warga korbannya adalah yang bermukim disejumlah titik sepanjang pinggiran Pantai Selatan.
Bencana banjir, berpotensi dan pernah melanda hampir semua wilayah termasuk kota Cilacap. Begitu pula, lebih dari 19 kecamatan yang menjadi daerah langganan kekeringan dan masyarakatnya krisis air bersih.
Bencana tanah longsor, kerap melanda beberapa kecamatan di wilayah Cilacap terutama daerah dataran tinggi. Termasuk kebakaran hutan yang beberapa kali terjadi.
Karena ini bahkan Cilacap pernah masuk sebagai daerah dengan resiko bencana tertinggi ketiga di Indonesia.
5. Penjara Paling Mengerikan
Hanya ada di Cilacap penjara di Indonesia yang paling mengerikan yakni Pulau Nusakambangan. Wilayahnya terletak di Kecamatan Cilacap Selatan hanya menyeberang perairan Cilacap sekitar 15 menit untuk sampai Nusakambangan.
Namun otoritas Pulau Nusakambangan dalam Kementerian Hukum dan HAM, sehingga Pemkab Cilacap pun tak bisa ikut mengelola pulau penjara yang juga dijuluki Alcatraz Indonesia ini.
Ada 8 Lapas dan 3 Lapas baru yang siap dioperasikan. Lapas-Lapas ini pernah dan sedang dihuni oleh para narapidana kelas kakap dan orang-orang ternama, baik kasus pembunuhan maupun para bandar narkoba.
6. Fasilitas Transportasi Terlengkap
Jika dibandingkan dengan daerah lain di Indonesia terutama Jawa tengah, Kabupaten Cilacap termasuk yang memiliki fasilitas transportasi paling lengkap.
Yang umum adalah stasiun KAI dan terminal bis. Tapi Cilacap memiliki angkutan laut berupa kapal atau perahu karena ada sebagian kecil penduduknya yang tinggal di batasi perairan seperti Kampung Laut dan Kelurahan Kutawaru.