Boleh pada rakaat pertama apabila melaksanakan witir 1 rakaat, atau di rakaat ketiga apabila melaksanakan witir 3 rakaat.
Namun ada perbedaan pendapat sedikit mengenai waktu tepatnya. Sebagian ulama mengatakan doa qunut dibaca sebelum rukuk, sedangkan ulama lainnya setelah rukuk dan ketika i'tidal. Keduanya memiliki dasar masing-masing.
Berikut adalah tata cara qunut witir dengan membaca doa qunut sebelum rukuk:
1. Niat sholat witir
2. Membaca al Fatihah
3. Membaca surat dalam Quran
4. Rukuk
5. Itidal
6. Sujud
7. Duduk diantara dua sujud
8. Sujud
9. Berdiri dan membaca surat al fatihah pada rakaat kedua
10. Membaca surat dalam Quran
11. Rukuk
12. Itidal
13. Sujud
14. Duduk diantara dua sujud
15. Sujud
Baca Juga: Fadhilah Sholat Tarawih Malam ke 17, Mendapatkan Pahala Seperti Para Nabi
16. Berdiri dan membaca surat al fatihah pada rakaat ketiga
17. Membaca surat dalam Quran
18. Mengangkat kedua tangan di depan dada dan membaca doa qunut
19. Rukuk
20. Itidal
21. Sujud
22. Duduk diantara dua sujud
23. Sujud
24. Tahiyat akhir
25. Salam
Berikut adalah tata cara qunut witir dengan membaca doa qunut sesudah rukuk:
1. Niat sholat witir
2. Membaca al Fatihah
3. Membaca surat dalam Quran
4. Rukuk
5. Itidal
6. Sujud
7. Duduk diantara dua sujud
8. Sujud
9. Berdiri dan membaca surat al fatihah pada rakaat kedua
10. Membaca surat dalam Quran
11. Rukuk
12. Itidal
13. Sujud
14. Duduk diantara dua sujud
15. Sujud
Baca Juga: Keutamaan Sholat Tarawih Malam ke 17, Bertepatan dengan Nuzulul Quran