KH. Sami'an wafat pada usia 66 tahun pada hari Selasa, 23 Februari 2021 sekitar pukul 12.50 WIB setelah sebelumnya dirawat di ICCU Jantung RS Sardjito Yogyarta.
Kiprah KH. Sami'an Muharram yang luar biasa tentu membekas di hati banyak masyarakat muslim Indonesia, terutama anggota NU.
Kabar bohong mengenai KH. Sami'an meninggal setelah menghirup napas seorang pasien Covid tentu menjadi suatu hal yang teramat disayangkan oleh banyak pihak.***