Buya seringkali mendapatkan cap sebagai liberal. Salah satunya karena menolak kembalinya Pancasila ke dalam Piagam Jakarta.
Buya juga memiliki pandangan yang jauh ke depan untuk kebaikan Islam dan Indonesia. Sayangnya, beberapa pemikiran ini dianggap sekuler oleh beberapa kalangan.
Tidak patah arang, Buya Syafii Maarif mendirikan Maarif Institute untuk kebudayaan dan kemanusiaan. Yayasan nirlaba ini bergerak dalam bidang kemanusiaan dan pendidikan.
Buya juga pernah dinobatkan menjadi Presiden dari World Conference on Religion for Peace (WCRP), sebuah organisasi dunia yang menggunakan agama untuk perdamaian.
Di akhir hayatnya, Buya tinggal berdua dengan sang istri tercinta, Nurkhalifah yang telah dinikahinya lebih dari 65 tahun di Yogyakarta. ***