Karena itu, kelulusannya dari SMA Negeri 2 Yogyakarta mundur hingga 1 tahun. Dia baru lulus pada tahun 1989, yang seharusnya lulus di tahun 1988.
Setelah lulus SMA, Anies Baswedan masuk ke fakultas ekonomi di Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta. Dia menyandang gelar Sarjana Ekonomi di usianya yang ke-26 tahun.
Anies Baswedan aktif di lembaga kajian ekonomi di almamaternya di pusat antar Universitas Studi Ekonomi UGM.
Anies kembali menerima beasiswa untuk melanjutkan pendidikan magister dan doktornya. Dia menempuh pendidikan S2 di University of Maryland School of Public Policy, College Park, Amerika Serikat.
Pendidika S3 dia tempuh di Northern lllinois University, Department of Political Science, Dekalb, lllinois, Amerika Serikat.
Anies tak hanya istimewa di pendidikan, namun di dunia aktivis banyak kisah menakjubkan yang dia .iliki
Saat di SMA, Anies menjadi wakil ketua OSIS di usia 16 tahun. Bahkan di usia tersebut, Anies juga terpilih menjadi ketua OSIS se-Indonesia, saat mengikuti pelatihan kepemimpinan bersama 300 ketua OSIS.
Di perguruan tinggi, Anies menjabat sebagai ketua Senat UGM pada tahun 1992.
Setelah Anies Baswedan mendapatkan gelas doktor, ia kembali ke Indonesia dan langsung mengemban tugas menjadi direktur Riset The Indonesian Instute, organisasi ini berfokus pada riset dan analisa kebijakan publik.