Meskipun Orde Baru telah tumbang, namun ketakutan terhadap lagu Genjer-Genjer tetap ada. Buktinya, saat grup musik reggae asal Mojokerto, Mesin Sampink tampil membawakan lagu tersbut, aparat kepolisian menangkap mereka. Meskipun akhirnya dilepaskan.
Lagu Genjer Genjer PKI adalah lagu yang identik dengan keberadaan PKI dan masih menimbulkan ketakutan bila ada yang menyanyikannya karena takut ditangkap oleh pihak kepolisian.***