Namun, pada 4 Juni 1962, Kartosuwiryo berhasil ditangkap di Gunung Geber. Tertangkapnya Kartosuwiryo ini mengakhiri pemberontakan DI/TII di Jawa Barat.
Sementara itu, pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) terjadi pada 25 April 1959.
Dipimpin oleh mantan Jaksa Agung Negara Indonesia Timur, Chris Soumokil, pemberontakan ini berpusat di kota Ambon, dan pulau sekitarnya seperti pulau Seram.
Salah satu penyebab meletusnya pemberontakan RMS adalah banyak bekas prajurit KNIL (Tentara Kolonial Hindia Belanda) asal Maluku yang kecewa karena pengakuan kemerdekaan Belanda kepada Indonesia.
Mereka juga menolak bergabung dengan APRIS (Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat).
Hal ini ditambah dengan kekecewaan Chris Soumokil, akibat bubarnya Negara Indonesia Timur (NIT) dan keinginannya mendirikan negara sendiri.
Pemerintah Indonesia bertindak tegas dengan mengirim pasukan APRIS dibawah pimpinan Slamet Riyadi dan Alex Kawilarang.
Pada tahun 1950, Ambon dan Namlea berhasil direbut.