Pada tahun 1525, tiga orang pastor dan misionaris dari Portugal, yaitu Pastor Antonio do Reis, Cosmas de Annunciacio, Bernardinode Marvao, dan seorang bruder mengunjungi Makassar.
63 tahun kemudian, tepatnya pada tahun 1548, Pastor Vincente Viegas datang dari Malaka dan ditugaskan di Makassar.
Di sana beliau melayani para saudara Portugis yang Katolik serta beberapa raja dan bangsawan Sulawesi Selatan yang juga telah dibaptis menjadi Katolik berdasarkan Balai Arkeologi.
Baca Juga: Pelaku Bom Bunuh Diri Gereja Katedral Makassar Hampir Masuki Gereja, Namun Ditahan Petugas
Namun, karena adanya gejolak politik VOC dan orang-orang Portugis serta jatuhnya Malaka ke tangan VOC dan perjanjian Batavia, Raja Gowa Sultan Hassanudin diharuskan mengusir semua orang Portugis dari Makassar pada tahun 1661 termasuk para pastor.
Sejak itu selama 225 tahun, tidak ada pastor yang menetap di Makassar. Orang-orang Katolik yang masih ada hanya sekali-sekali dilayani dari Surabaya atau Larantuka. Pada 1892, Pastor Aselbergs, SJ, dipindahkan dari Larantuka menjadi Pastor Stasi Makassar (7 September 1892) dan tinggal di suatu rumah mewah di Heerenweg (kini Jl. Sultan Hasanuddin).
Baca Juga: Katedral Makassar di Bom, Warganet Cari Link Katedral Makassar Live Streaming
Pada 13 April 1937 wilayah Sulawesi Selatan dan Tenggara dijadikan Prefektur Apostolik Makassar oleh Sri Paus di Roma, dan dipercayakan kepada misionaris CICM, dengan Mgr. Martens sebagai prefek.
Pada tanggal 13 Mei 1948 menjadi Vikariat Apostolik Makassar, dan tanggal 3 Januari 1961 menjadi Keuskupan Agung Makassar.