Syekh Yusuf merantau ke Aceh untuk bertemu Syekh Nuruddin Hasanji al-Raniri yang dikenal dengan nama Nuruddin Ar Raniri.
Baca Juga: Kunci Jawaban IPS Kelas 7 Halaman 88, Babakan Zaman Berdasarkan Arkeologis, Temuan Peninggalan Benda
Dari beliaulah Syekh Yusuf belajar tariqat Qadiriyah dan ilmu ketatanegaraan selama empat tahun dan memperoleh ijazah.
Syekh Yusuf mempelajari berbagai tarikat dalam Islam sehingga pernah menetap sambil mengajar di Perguruan Assyafiah, Masjidil Haram.
Namun karena kerinduannya terhadap kampung halaman, Syekh yusuf memutuskan pulang ke Indonesia. Namun tidak ke Gowa karena Kerajaan Gowa telah dikalahkan oleh Belanda melalui perjanjian Bungaya.
Syekh Yusuf akhirnya menetap di Banten dan menjadi penasihat di Kerajaan Banten di bawah kekuasaan Sultan Ageng Tirtayasa,
Pada tahun 1672, saat itu, Banten juga tengah gigih melawan Belanda. Syekh Yusuf berada di pihak Sultan Ageng dengan sebuah pasukan Makassar.
Namun dikarenakan kekuatan yang tidak sebanding, maka Banten menyerah pada tahun 1682.
Setelah itu, Syekh Yusuf menjalani hidup dalam masa pembuangan. Awalnya beliau ditahan di Cirebon dan Batavia.