• Fakultas Teknik terdiri dari Program Studi S1 Teknik Sipil, S1 Teknik Elektro, S1 Teknik Geologi, S1 Teknik Informatika, D3 Teknik Industri.
• Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) terdiri dari Program Studi S1 Manajemen SumberDaya Perairan/MSP, S1 Budidaya Perairan/BDP, S1 Ilmu Kelautan/KLT.
• Fakultas Biologi (Fabio) terdiri dari Program Studi S1 Biologi, D3 Pengelolaan Sumber Daya Perikanan.
• Fakultas Peternakan (Fapet) terdiri dari Program Studi S1 Peternakan, D3 Produksi Ternak.
• Fakultas Pertanian (Faperta) terdiri dari Program Studi S1 Agroteknologi, S1 Agrobisnis, S1 Teknik Pertanian, S1 Teknologi Hasil Pertanian / Ilmu dan Teknologi Pangan, D3 Agrobisnis, D3 Perencanaan Sumber Daya Lahan.
• Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) terdiri dari Program Studi S1 Akuntansi, S1 Manajemen, S1 Ilmu Ekonomi Studi Pembangunan/IESP, D3 Akuntansi, D3 Kesekretariatan, D3 Administrasi Keuangan, D3 Bisnis Internasional / Manajemen Perdagangan, S1 Pendidikan Ekonomi.
• Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP) terdiri dari Program Studi S1 Sosiologi, S1 Ilmu Administrasi Negara, S1 Ilmu Komunikasi, S1 Ilmu Politik, S1 Hubungan Internasional, Fakultas Ilmu Budaya (FIB), S1 Sastra Indonesia, S1 Sastra Inggris, D3 Bahasa Inggris, D3 Bahasa Mandarin, S1 Sastra Jepang, S1 Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, S1 Pendidikan Bahasa dan Sastra Inggris.
• Fakultas Hukum (FH) terdiri dari Program Studi S1 Ilmu Hukum.
• Program Pascasarjana (Magister) terdiri dari Program Studi Akuntansi, Manajemen, Administrasi Publik, Ekonomi Pembangunan, Ilmu Hukum, Biologi, Sains dan Ilmu Lingkungan, Agronomi, Ilmu Peternakan.